В настоящее время признано необходимым преобразовать МАП в государственные учреждения - Администрации морских портов, наделенные, в соответствии со ст.9 КТМ, административно-властными полномочиями по обеспечению безопасности мореплавания и порядка в порту. Администрации морских портов возглавят капитаны портов, назначаемые Минтрансом России. Финансирование администраций будет осуществляться в переходный период за счет внебюджетных источников. С 2003 г. предполагается содержать администрации за счет средств федерального бюджета, формирование доходной части которого будет дополнено платежами за специализированные услуги администраций. Предусматривается создать администрации и в тех портах, где в настоящее время служба капитана порта является структурным подразделением акционерного общества. Кроме того, планируется создание федерального государственного унитарного предприятия (ФГУП) "Росморпорт", подчиненного Минтрансу России и являющегося субъектом естественной монополии на транспорте. Основными задачами ФГУП "Росморпорт" предполагаются следующие: содержание, ремонт, реконструкция, развитие гидротехнических сооружений, перегрузочного оборудования, служебно-вспомогательного флота и иного имущества в морских портах и прибрежно-береговой инфраструктуре; сдача в аренду федеральной собственности в морских портах и организация контроля за ее эффективным использованием арендаторами; инвестиционная деятельность в морских портах по развитию и реконструкции существующих портовых мощностей, строительству новых объектов портового хозяйства и прибрежно- береговой инфраструктуры гражданского назначения. Деятельность Росморпорта будет осуществляться за счет получаемых портовых сборов, арендной платы и иных доходов от хозяйственной деятельности.
Предполагается создание филиалов - Балтийского, Дальневосточного, Северного, Южного бассейнов, а также филиалов в морских портах. Это предприятие будет получать ежегодно портовые сборы на сумму, сопоставимую с размером портовых сборов, которые сейчас получают МАП. В настоящее время за счет средств, полученных от портовых сборов, строятся объекты Глобальной морской системы связи при бедствии и для обеспечения безопасности, региональной системы безопасности мореплавания в восточной части Финского залива, системы управления движением судов в различных портах и другие объекты, имеющие общеотраслевое значение. Значительная часть доходов от портовых сборов направляется и будет направляться на дноуглубление подходных каналов и акваторий морских портов, содержание средств навигационного оборудования, государственных лоцманских организаций, обеспечение ледокольной проводки в портах Архангельск, Выборг, Санкт-Петербург, Ванино и др., а также на ремонт и реконструкцию гидротехнических сооружений и т.д. Централизация финансовых ресурсов позволит более эффективно за счет внебюджетных источников финансировать наиболее перспективные проекты строительства новых портовых мощностей, входящих в федеральную целевую программу. В целом предполагаемая реорганизация направлена на приведение статуса портовых властей в соответствие с действующим законодательством Российской Федерации и создание условий для концентрации материальных и финансовых ресурсов на решение наиболее важных, приоритетных задач в области морского транспорта.
В результате планируемых преобразований по совершенствованию государственного регулирования портовой деятельности ожидается следующее: приведение административно-властных структур в морских портах в соответствие с действующим законодательством; унификация и вертикальная интеграция управления государственным имуществом в портах; уменьшение числа федеральных государственных предприятий, подведомственных Минтрансу России; консолидация финансовых ресурсов в целях осуществления мероприятий в рамках ФЦП; сохранение сложившихся налоговых платежей в бюджеты всех уровней.
Представленные предложения по совершенствованию системы управления и регулирования портовой деятельности отражены в концепции федерального закона "О морских портах Российской Федерации", которая была рассмотрена и одобрена на заседании правительственной комиссии по транспортной политике в июле 2001 г. О морской коллегии при правительстве Российской Федерации В декабре 2001 г. в Санкт- Петербурге в историческом здании Адмиралтейства было проведено первое заседание морской коллегии при правительстве Российской Федерации. Выбор места проведения заседания диктовался целью - отдать дань уважения памяти основателю города - Петру Великому. На берегах Невы закладывалось морское могущество нашего Отечества, и здание, где прошло первое заседание морской коллегии, вот уже более двух столетий олицетворяет величие России как морской державы.